O jogador começa sua jornada para escapar das instalações subterrâneas em colapso de Black Mesa, enfrentando alienígenas de todo o tipo. Para complicar ainda mais, o governo dos EUA manda seu exército para eliminar todas as evidências do acidente, dentre elas: Gordon Freeman, sobreviventes, testemunhas e aliens.

Ao derrotá-lo, Gordon liberta os xenianos do domínio telepático de Nihilanth, que então páram de atacar a Terra.